სამთავისის ძველი ეკლესიის აშენების თარიღია 472 წელი. იმდროინდელი ნაგებობებიდან აღარაფერია შემორჩენილი. დიდი ხნის შემდგომ, 1030 წელს აქ ტაძარი ააგო სამთავნელმა ეპისკოპოსმა, ილარიონ ყანჩაველმა. მანვე 1050 წელს ააშენა კათედრალისათვის განკუთვნილი მარანი და საწნახელი. გარდა XI საუკუნის წარწერებისა, სამთავისის ტაძრის ფასადებზე შემორჩენილია შედარებით გვიანდელი ხანის ეპიგრაფიკული ძეგლები, რომლებიც მნიშვნელოვან ცნობებს გვაწვდიან ტაძრის ისტორიაზე. წარწერების თანახმად, გიორგი III–ის მეფობის დროს იოანე სამთავნელმა ტაძარს კარიბჭე მიადგა.

იცოდით თუ არა, რომ...

1. მემატიანის ცნობით, XII საუკუნის II ნახევრიდან XIII საუკუნის დასაწყისამდე სამთავისი ჯერ ქართლის კათალიკოს მიქაელს ეკავა, ხოლო შემდეგ მწიგნობართუხუცესის, ანტონ ეპისკოპოსის სამფლობელო იყო. XIV საუკუნის I ნახევრიდან, გიორგი ბრწყინვალის მეფობის დროს, სამთავისი ზევდგენიძე-ამილახვრებს ებოძათ.

2. XV საუკუნეში ძეგლი ძლიერ დაზიანდა: ჩამოინგრა გუმბათი, დასავლეთის კარი, თაღები, გუმბათქვეშა პილონი და მთლიანად ფასადები. XV საუკუნის ბოლოსა და XVI საუკუნის დასაწყისში ადგილობრივი ფეოდალების, ამილახვრების აღზევების შემდეგ შესაძლებელი გახდა ტაძრის ხელმეორედ აშენება-განახლება.

3. ტაძრის ინტერიერში, აფსიდის კონქსა და გუმბათქვეშა აღმოსავლეთის ბურჯებზე შემორჩენილ წარწერებში გადმოცემულია ტაძრის მოხატულობის განახლებისა და ხელახლა მოხატვის ამბავი. ამ წარწერის მიხედვით, ტაძრის მოხატვის ქტიტორები ყოფილან გივი ამილახვარი და მისი მეუღლე თამარი, ხოლო შემსრულებელი - მელიტონ სამთავნელი. ეს სამუშაოები შეუსრულებიათ 1679 წელს.

4. 1847 წელს ძეგლს სარესტავრაციო სამუშაოები ჩაუტარდა.

5. ტაძარს ადრე სამი კარი ჰქონდა, დღეისათვის კი, მხოლოდ ორია შემორჩენილი. მესამე კარი XIX საუკუნეში, შეკეთების დროს ამოუშენებიათ.